Bakterierna orsakar inte alltid sjukdom, utan ingår i normalfloran på många slemhinnor hos människor och djur, och deltar också i nedbrytningen av dött organiskt material på jorden. Det finns ändå tusentals bakteriearter som orsakar allehanda infektionssjukdomar, från banala som finnar i huden till dödliga infektioner som pest eller gasbrand. Om individens infektionsförsvar är nedsatt kan även arter med liten sjukdomsalstrande förmåga ge upphov till svår sjukdom.